Es un sistema que concede la identificación y seguimiento de aeronaves en un espacio. A diferencia del radar primario ( o el convencional ), que identifica blancos, usualmente aviones, detectando reflexiones de señales de radiofrecuencia en ellos, el radar secundario codifica mensajes en la forma de pulsos modulados en amplitud, efectuando "preguntas" a través de trenes de pulsos dirigidos a los transpondedores.
El uso más extendido del radar secundario es en la vigilancia del tráfico aéreo, y en el ámbito militar, con la particularidad de su utilización para identificar a aviones amigos o enemigos. Generalmente, está asociado a un radar primario en funciones de radar de aproximación de aeropuerto o en solitario, en las montañas, para el control del espacio aéreo.
Como se explicó al inicio, el radar secundario detecta objetos en el espacio aéreo, pero sin conocer si son aeronaves o no. Entonces, es cuando el radar primario realiza esas "preguntas" mediante pulsos de 1.030 MHz, que captan el transpondedor para responder con datos como identificación del avión, velocidad, altitud, y cuantos más datos necesite el controlador aéreo.